分子互作實驗CLIP交聯免疫共沉淀

一、技術簡介

CLIP(Cross-linking immunoprecipitation，交聯免疫共沉淀）通過結合UV交聯和免疫共沉淀的方法來分析蛋白與RNA相互作用的結合位點。

二、技術原理

CLIP技術利用紫外線照射使細胞內的RNA與RNA結合蛋白（RBP）發生共價交聯，隨后通過免疫沉淀的方法富集與特定RBP結合的RNA片段，再經過逆轉錄和高通量測序等步驟，獲取RBP在體內的RNA結合位點和結合序列信息。

三、應用場景

1.蛋白質-RNA相互作用研究：確定特定蛋白質在體內的RNA結合位點和結合序列，揭示蛋白質在轉錄后調控中的作用機制。

2.疾病相關研究：通過比較正常和疾病狀態下RBP的RNA結合情況，發現與疾病發生、發展相關的RNA結合事件和調控網絡。

3.藥物研發：為藥物研發提供新的靶點和作用機制，幫助開發針對特定RNA結合蛋白或其調控的RNA分子的藥物。

4.生物信息學分析：通過對CLIP-seq數據的生物信息學分析，預測RNA結合蛋白的結合位點和結合模式，構建RNA調控網絡等。

四、技術優勢

1.體內原位檢測：能夠在活體細胞內捕獲蛋白質和RNA的相互作用，真實反映體內的生理狀態。

2.較高特異性和嚴格的純化：通過特異性抗體或標簽純化交聯復合物，可有效去除非特異性結合的RNA和蛋白質，提高結果的可信度。

3.結合高通量測序：與高通量測序技術結合，可在全基因組范圍內鑒定RBP的RNA結合位點和結合序列，獲取豐富的信息。

五、樣本類型

新鮮細胞（貼壁細胞/懸浮細胞），紫外交聯后細胞樣本。

六、樣本需求

細胞樣本：約1×10^7個（可以是1個10cm皿，或以懸浮細胞形式存儲于離心管中，或1個T75瓶）；

交聯細胞樣本：254 nm，150 mJ/cm2標準UV交聯處理細胞。

七、樣本準備&運輸

活細胞樣本：距離較近的可以將養在皿/T75瓶/離心管內的新鮮細胞樣本常溫快遞（最遲次日達）運輸，本市內可閃送或親自遞送；

交聯后細胞樣本：-80℃凍存干冰運輸。

八、需提供的試劑

檢測用ChIP級抗體。

九、實驗周期

1-2周（不包含測序）

十、其他

后續檢測選擇RT PCR時，需提供后續檢測的位點。